1、所有的离心步骤均在室温完成,使用转速可以达到 13,000 rpm 的传统台式离心机,
2、样品处理量绝对不要超过基因组吸附柱 DA 和和 RNA 吸附柱 RA 处理能力,否则造成 DNA 残留或产量降低。开始摸索实验条件时,如果不清楚样品 DNA/RNA 含量时宁可使用较少的 样品处理量,将来根据样品试验情况增加或者减少处理量。
3、Buffer RLT Plus 和 Buffer RW1 中含有刺激性化合物,
操作时戴乳胶手套,避免沾染皮肤, 眼睛和衣服。若沾染皮肤、眼睛时,要用大量清水或者生理盐水冲洗。
4、关于 DNA 的微量残留:
一般说来任何总 RNA 提取试剂在提取过程中无法完全避免 DNA 的微量残留(DNase 消化也无 法做到 100%无残留),本试剂盒可以做到绝大多数 DNA 已经被清除,不需要 DNase 消化,可直 接用于反转录 PCR 和荧光定量 PCR。个别特殊情况如 DNA 含量过于丰富造成残留或者要进行 严格的 mRNA 表达量分析荧光定量 PCR,我们建议在进行模板和引物的选择时:
1) 选用跨内含子的引物,以穿过 mRNA 中的连接区,这样 DNA 就不能作为模板参与扩增反应。
2) 选择基因组 DNA 和 cDNA 上扩增的产物大小不一样的引物对。
3) 将 RNA 提取物用 RNase-free 的 DNase I 处理。本试剂盒还可以用于 DNase I 处理后的 RNA 清洁(cleanup)。
4) 在步骤 Buffer RW1 漂洗前,直接在吸附柱 RA 上进行 DNase I 处理。
5) RNA 纯度及浓度检测:
完整性:RNA 可用普通琼脂糖凝胶电泳(电泳条件:胶浓度 1.2%;0.5×TBE 电泳缓冲液;150v, 15 分钟)检测完整性。由于细菌中 70%-80%的 RNA 为 rRNA,电泳后 UV 下应能看到非常明显的 rRNA 条带。细菌 rRNA 大小分别约为 5 kb 和 2kb,分别相当于 26S 和 13S rRNA。细菌 RNA 样 品中最大 rRNA 亮度应为次大 rRNA 亮度的 1.5-2.0 倍,否则表示 RNA 样品的降解。出现弥散片状或条带消失表明样品严重降解。 纯度:OD260/OD280 比值是衡量蛋白质污染程度的参考指标。高质量的 RNA,OD260/OD280 读 数在 2.1-2.2 之间(100%纯的 RNA 比值一般是 2.2 左右,很多公司无法达到这个标准,所以 1.9-2.0 就凑合用了,但是我们的产品标准一般可以达到 2.1-2.2)。OD260/OD280 读数受测定所用溶液的 pH 值影响。同一个 RNA 样品,假定在 10mM Tris,pH7.5 溶液中测出的 OD260/OD280 读数 1.8-2.1 之间,在水溶液中所测读数则可能在 1.5-1.9 之间,但这并不表示 RNA 不纯。 浓度:取一定量的 RNA 提取物,用 RNase-free 水稀释 n 倍,用 RNase-free 水将分光光度计调零, 取稀释液进行 OD260,OD280 测定,按照以下公式进行 RNA 浓度的计算:终浓度(ng/μl) =(OD260)×(稀释倍数 n)×40